• Chaque séance d’EMDR dure de 45 à 90 minutes pour un adulte.
• Le traitement EMDR commence par une préparation. Plusieurs séances peuvent y être consacrées, au cours desquelles patient et thérapeute mettent à jour le ou les souvenirs traumatiques à l’origine des souffrances. Le thérapeute aide également le patient à développer des ressources, non seulement pour améliorer son rapport à lui-même et à autrui mais aussi pour faciliter le traitement du trauma.
• Le retraitement d’un trauma peut nécessiter une à plusieurs séances de thérapie.
• Pour retraiter un épisode traumatique, le psychothérapeute invite le patient à se focaliser sur son souvenir, en étant en contact avec ses éléments sensoriels (visuel, auditif, olfactif, kinesthésique (ce mot renvoie aux sensations corporelles), voire gustatif), avec les croyances et les émotions négatives qu’il a générées. Le thérapeute initie alors des séries de stimulations bilatérales alternées à gauche et à droite : des mouvements oculaires, des sons ou des stimulations tactiles. Au fur et à mesure, des associations d’idées (des associations libres, dans un langage freudien) émergent et les patients retraitent les différentes informations liées au souvenir, les intègrent à leur réseau de mémoire de manière fonctionnelle, adaptée.
• Entre chaque série, le thérapeute demande au patient de prendre une grande inspiration et de partager ce qui lui est venu à l’esprit au cours des stimulations.
• Lorsque le patient peut repenser au souvenir sans gêne émotionnelle et l’associer à des pensées positives, les stimulations bilatérales sont arrêtées. Celles- ci ont ainsi désensibilisé le souvenir du trauma et reprogrammé les croyances négatives qui y étaient liées.
• Il arrive qu’au cours d’une séance, le patient traverse des émotions fortes ; il peut également arriver qu’entre deux séances de telles  émotions resurgissent, ainsi que  d’autres souvenirs, comme dans toute forme de psychothérapie. Au final expérimente une amélioration de la perturbation émotionnelle en lien avec le souvenir traité, et un apaisement.

A la différence d’une thérapie fondée uniquement sur la parole, les insights ( : les prises de conscience) dans la thérapie EMDR ne résultent pas tant des interprétations du clinicien que des processus intellectuels et émotionnels accélérés par stimulations bilatérales alternées.